Alchimie - la science mystique de la transmutation. Les alchimistes doués peuvent décomposer et reconstruire la matière en utilisant la "loi de l'échange équivalent", créant ainsi des choses miraculeuses. Mais un tabou ne pourra jamais être brisé : la transmutation humaine. Les frères Elric, Edward et Alphonse, ont brisé le tabou pour tenter de ressusciter leur défunte mère et ont ainsi tout perdu. L'âme d'Al a été transférée dans une armure vivante et Ed a perdu deux membres, ce qui l'a confiné dans une auto-mobile mécanique.

Pour retrouver ce qu'ils ont perdu, ils se lancent dans un voyage à la recherche de la légendaire pierre philosophale. Plus ils s'approchent de la vérité cachée de la pierre philosophale, plus ils s'enfoncent dans des plans obscurs et les périls de créatures surnaturelles. La nation militaire d'Amestris, les rancunes et les haines d'un peuple persécuté, et les innombrables tragédies causées par l'alchimie forment un vortex sombre qui attire les gens et les pays dans son vide. Les frères Elric vont de l'avant dans leur quête pour transformer le désespoir en espoir...